À l’échelon suivant, on trouve les Églises de Scientologie. Elles peuvent préparer et ordonner des ministres et elles se chargent de l’audition jusqu’au niveau de Clair.

Au-dessus se trouvent les Églises avancées. Elles forment les ministres du plus haut niveau et dispensent le conseil pastoral de certains des niveaux d’OT.

L’Organisation de service de Flag de l’Église de Scientologie, à Clearwater, en Floride, est la plus importante de toutes les organisations avancées. Elle forme les individus aux plus hauts niveaux ministériels et les scientologues y vont pour parvenir aux états d’OT les plus élevés.

Un cas particulier dans l’Église de Scientologie : le navire Freewinds, qui sillonne les Caraïbes, dispense un niveau d’OT distinct qui ne peut être obtenu dans aucune autre église.